נוהל תמיכות של שר האוצר מהווה אבן יסוד לזכאות לתמיכה ממשלתית. ההתנהלות לפיו הנתמכת נקובים בו תנאים חשבונאיים מסוימים לקבלת תמיכה. משרדי הממשלה בודקים את עמידת העמותה בתנאים הנקובים בנוהל.
הביקורות נערכות בשלש רמות:
א. ביקורת קצרה הכוללת בדיקה כי אכן כספי המדינה שמשו למטרתם, העמותה עמדה בתבחינים והדיווח נאות.
ב. רמה א +עמידה בהוראות תכ"מ ונוהל תמיכות של שר האוצר.
ג. הרמות הקודמות + עמידה בהוראות חוק העמותות והוראות ניהול תקין.
הנוהל הינו ארוך (כ- 60 עמודים) ודן בשלל נושאים, רובו בנושאים פרוצדורליים ועונשיים. במאמר שלהלן נסקור את התנאים החשבונאיים.